Родилась 25 декабря 1920 года в Новозыбкове.
После окончания школы №1 поступила в Воронежский медицинский институт, который закончила в сентябре 1943 г. Окончив курсы полевых хирургов, проходила службу в 824 отдельном линейном эксплуатационном батальоне связи,. В ноябре 1944 года Екатерину Ефимовну командование перевело врачом-ординатором хирургии в полевой передвижной хирургический госпиталь №5250 восьмой гвардейской армии Первого Белорусского фронта, где работала до конца войны. Конец войны застал ее за операционным столом на окраине Берлина. После окончания войны 28 врачей, включая Екатерину Ефимовну, направили на восстановление здравоохранения в г. Берлин. За эту работу Ковалева Е.Е. получила благодарность за подписью И.В. Сталина. Потом была переведена врачом-ординатором в инфекционный госпиталь №318, где находились на излечении наши пленные, страдающие туберкулезным менингитом.
В сентябре 1946 г. капитан медицинской службы, Ковалева Е.Е демобилизовалась. На фронте она встретила свою судьбу – командира батальона, штурмовавшего Берлин, – Шустанова Ивана Ефимовича. На постоянное жительство молодые супруги переехали в г.Новозыбков.
Вначале Екатерина Ефимовна работала участковым врачом, потом до ухода на пенсию в 1986 году заведующей детской поликлиникой. Совершенствовала свою профессиональную квалификацию на центральных курсах в Москве и Санкт-Петербурге. Как ревматолог, она консультировала больных в детском отделении горбольницы, вела прием в поликлинике, посещала больных на дому. Екатерина Ефимовне Ковалевой первой в городе было присвоено звание «Заслуженный врач РСФСР».
Е.Е. Ковалева пять созывов избиралась депутатом городского Совета народных депутатов, возглавила комиссию здравоохранения. Благодаря ее настойчивости в план новостроек города было включено строительство нового здания детской поликлиники. В 1962 году аттестационная комиссия Брянского Облздравотдела присвоила Ковалевой Е.Е. квалификацию врача первой степени. В 1964 г. она награждена значком «Отличник здравоохранения», орденами «Отечественной войны», «Красной Звезды», медалями «За взятие Берлина», «За доблестный труд в ознаменование 100-летия со дня рождения В.И. Ленина». Постановлением администрации г. Новозыбкова № 222 от 26 апреля 1995 г. ветерану Великой Отечественной войны Ковалевой Е.Е. за боевые подвиги в годы Отечественный войны, за большую работу по оздоровлению детей, активное участие в общественной жизни, в честь 50-летия Победы советского народа в Великой Отечественной войне присвоено звание «Почетный гражданин г. Новозыбкова».
Умерла в июле 2005 года.